1、基本書庫（一樓西）
基本書庫主要收藏學校2003年以前出版的及各書庫日常剔舊的各類圖書128200余種，411600余冊。周一至周五每天開放八個小時，為讀者提供閱覽和查詢服務，不外借。
2、過刊閱覽室（一樓北）
過刊閱覽室主要收藏自1907年以來的過刊合訂本43500余種，100100余冊，周一至周五每天開放八個小時，為讀者提供藏、借、閱一體化服務。
3、社會科學第一圖書借閱室（二樓北）
社會科學第一圖書借閱室主要收藏了近年來出版的A馬列、B哲學宗教、C社會科學、D政治法律類圖書41800余種，110300余冊冊，周一至周日每天八個小時對讀者開放，為讀者提供藏、借、閱一體化服務。
4、社會科學第二圖書借閱室（三樓北）
社會科學第二圖書借閱室主要收藏了近幾年出版的E軍事、F經濟、H語言文字類圖書31700余種，111500余冊，周一至周日每天八個小時對讀者開放，為讀者提供藏、借、閱一體化服務。
5、社會科學第三圖書借閱室（三樓西）
社會科學第三圖書借閱室主要收藏了J藝術類和K歷史地理兩大類圖書41800余種，132200余冊。周一至周日每天八個小時對讀者開放，為讀者提供藏、借、閱一體化服務。
6、社會科學第四圖書借閱室（三樓南）
社會科學第四圖書借閱室主要收藏I文學類圖書共36100余種，114400余冊，周一至周日每天八個小時對讀者開放，為讀者提供藏、借、閱一體化服務。
7、電子閱覽室（三樓西）
電子閱覽室設微機80臺，全周全天向讀者開放，周開放時間90個小時以上?？梢酝ㄟ^電腦網絡檢索和閱覽到148萬種電子圖書、30000余種電子期刊和隨書光盤，其中包括超星電子圖書、同方知網中國學術期刊數據庫、萬方中國學位論文數據庫、萬方科技子系統、人大復印報刊資料全文數據庫、維普考試資源系統、SpringerLink外文數據庫、EBSCO外文數據庫、聚合外文期刊及博碩論文數據庫、館藏書目數據庫、菏澤學院優秀學位論文數據庫、隨書光盤數據庫等電子資料，并可通過互聯網查閱其它中外信息資料。
8、非書資料室（三樓北）
非書資料室收藏有隨書光盤、磁帶等非書資料共計14600余種，61900余冊。主要為讀者提供閱覽和查詢服務，不外借。
9、菏澤地方文獻、捐贈文獻展廳（三樓圓廳）
共收藏有1500余種、2100余冊菏澤地方文獻，內容包括菏澤地方政治、經濟、文化、教育、藝術、宗教、民風、民俗和社會發展動態等各個方面，是研究菏澤文化的獨具特色的地方資源。捐贈文獻展廳收藏有社會各界人士捐贈圖書資料4779種，6523冊。周一至周五每天八小時對讀者開放，主要為讀者提供閱覽和查詢服務，不外借。
10、自然科學圖書借閱室（四樓西）
自然科學圖書借閱室主要收藏了近年來出版的11大類（N類至Z類）理科圖書，共計75100余種，153100余冊，周一至周日每天八個小時對讀者開放，為廣大師生提供藏、借、閱一體化服務。
11、第一圖書閱覽室（四樓北）
本閱覽室主要收藏自建館以來所購進的11大類（A類至K類）社科樣本圖書，目前共有藏書150000余種，153900余冊，周一至周日每天八小時對讀者開放，主要為讀者提供閱覽和查詢服務，不外借。
12、第二圖書閱覽室（四樓南）
第二圖書閱覽室主要收藏自建館以來所購進的11大類（N類至Z類）自然科學樣本圖書75905種，76648冊，另外還包括工具圖書8200余種，11700余冊，周一至周日每天八小時對讀者開放，主要為讀者提供閱覽和查詢服務，不外借。周一至周日每天八小時對讀者開放，主要為讀者提供閱覽和查詢服務，不外借。
13、特藏書庫（五樓北）
特藏書庫共有藏書17000余種，18600余冊，主要收藏了民國以前的古籍善本圖書和大型精裝圖書，其中有9266件被國家文物局認定為文物圖書。重點收藏有明刻本圖書14種，清刻本219種，其中包括《四庫全書》、《續修四庫全書》、《叢書集成》、《萬有文庫》、《古今圖書集成》、《四部叢刊》、《中國大百科全書》、英美百科全書等，是本館最具特色的書庫。
14、報庫（五樓北）
本庫共收有各種報紙合訂本16600余冊。其中包括早年發行的《申報》（1872、4～1947、5）、《晨報》（1916～1928、6）、《大公報》（1917、1～1956、6）等幾種著名報紙；《人民日報》、《光明日報》等二十余種全國性報紙；《北京日報》、《菏澤日報》等近三十種地方性報紙以及《電腦報》、《書法報》等五十種專業性報紙。
15、外文綜合類圖書借閱室（五樓南）。
本借閱室主要收藏H外文、Z綜合類圖書，36400余種，121900余冊，外文圖書以英文圖書為主，其中包括英文版的《化學文摘》2300卷，另收藏有少量的日文、俄文等其他語種圖書，周一至周日每天八小時為讀者提供藏、借、閱一體化服務。
16、教師教育圖書借閱室（教師教育圖書館二樓南）
教師教育圖書借閱室收藏G教育類圖書32600余種，135000余冊，周一至周日每天八個小時對讀者開放，為讀者提供藏、借、閱一體化服務。
