1、基本書庫(一樓西)
基本書庫主要收藏學校2003年以前出版的及各書庫日常剔舊的各類圖書128200余種,411600余冊。周一至周五每天開放八個小時,為讀者提供閱覽和查詢服務,不外借。
2、過刊閱覽室(一樓北)
過刊閱覽室主要收藏自1907年以來的過刊合訂本43500余種,100100余冊,周一至周五每天開放八個小時,為讀者提供藏、借、閱一體化服務。
3、社會科學第一圖書借閱室(二樓北)
社會科學第一圖書借閱室主要收藏了近年來出版的A馬列、B哲學宗教、C社會科學、D政治法律類圖書41800余種,110300余冊冊,周一至周日每天八個小時對讀者開放,為讀者提供藏、借、閱一體化服務。
4、社會科學第二圖書借閱室(三樓北)
社會科學第二圖書借閱室主要收藏了近幾年出版的E軍事、F經濟、H語言文字類圖書31700余種,111500余冊,周一至周日每天八個小時對讀者開放,為讀者提供藏、借、閱一體化服務。
5、社會科學第三圖書借閱室(三樓西)
社會科學第三圖書借閱室主要收藏了J藝術類和K歷史地理兩大類圖書41800余種,132200余冊。周一至周日每天八個小時對讀者開放,為讀者提供藏、借、閱一體化服務。
6、社會科學第四圖書借閱室(三樓南)
社會科學第四圖書借閱室主要收藏I文學類圖書共36100余種,114400余冊,周一至周日每天八個小時對讀者開放,為讀者提供藏、借、閱一體化服務。
7、電子閱覽室(教師教育圖書館三樓西)
電子閱覽室設微機90臺,全周全天向讀者開放,周開放時間90個小時以上??梢詸z索和閱覽到148萬種電子圖書、30000余種電子期刊和隨書光盤,其中包括超星電子圖書、同方知網中國學術期刊數據庫、萬方中國學位論文數據庫、萬方科技子系統、人大復印報刊資料全文數據庫、維普考試資源系統、SpringerLink外文數據庫、EBSCO外文數據庫、聚合外文期刊及博碩論文數據庫、新學術SCI精選數據庫、菏澤學院優秀學位論文數據庫、隨書光盤數據庫等電子資料,并可通過互聯網查閱其它中外信息資料。
8、非書資料室(三樓北)
非書資料室收藏有隨書光盤、磁帶等非書資料共計14600余種,61900余冊。主要為讀者提供閱覽和查詢服務,不外借。
9、菏澤地方文獻、捐贈文獻展廳(三樓圓廳)
共收藏有1500余種、2100余冊菏澤地方文獻,內容包括菏澤地方政治、經濟、文化、教育、藝術、宗教、民風、民俗和社會發展動態等各個方面,是研究菏澤文化的獨具特色的地方資源。捐贈文獻展廳收藏有社會各界人士捐贈圖書資料4779種,6523冊。周一至周五每天八小時對讀者開放,主要為讀者提供閱覽和查詢服務,不外借。
10、自然科學圖書借閱室(四樓西)
自然科學圖書借閱室主要收藏了近年來出版的11大類(N類至Z類)理科圖書,共計75100余種,153100余冊,周一至周日每天八個小時對讀者開放,為廣大師生提供藏、借、閱一體化服務。
11、第一圖書閱覽室(四樓北)
本閱覽室主要收藏自建館以來所購進的11大類(A類至K類)社科樣本圖書,目前共有藏書150000余種,153900余冊,周一至周日每天八小時對讀者開放,主要為讀者提供閱覽和查詢服務,不外借。
12、第二圖書閱覽室(四樓南)
第二圖書閱覽室主要收藏自建館以來所購進的11大類(N類至Z類)自然科學樣本圖書75905種,76648冊,另外還包括工具圖書8200余種,11700余冊,周一至周日每天八小時對讀者開放,主要為讀者提供閱覽和查詢服務,不外借。周一至周日每天八小時對讀者開放,主要為讀者提供閱覽和查詢服務,不外借。
13、特藏書庫(五樓北)
特藏書庫共有藏書17000余種,18600余冊,主要收藏了民國以前的古籍善本圖書和大型精裝圖書,其中有9266件被國家文物局認定為文物圖書。重點收藏有明刻本圖書14種,清刻本219種,其中包括《四庫全書》、《續修四庫全書》、《叢書集成》、《萬有文庫》、《古今圖書集成》、《四部叢刊》、《中國大百科全書》、英美百科全書等,是本館最具特色的書庫。
14、報庫(五樓北)
本庫共收有各種報紙合訂本16600余冊。其中包括早年發行的《申報》(1872、4~1947、5)、《晨報》(1916~1928、6)、《大公報》(1917、1~1956、6)等幾種著名報紙;《人民日報》、《光明日報》等二十余種全國性報紙;《北京日報》、《菏澤日報》等近三十種地方性報紙以及《電腦報》、《書法報》等五十種專業性報紙。
15、外文綜合類圖書借閱室(五樓南)。
本借閱室主要收藏H外文、Z綜合類圖書,36400余種,121900余冊,外文圖書以英文圖書為主,其中包括英文版的《化學文摘》2300卷,另收藏有少量的日文、俄文等其他語種圖書,周一至周日每天八小時為讀者提供藏、借、閱一體化服務。
16、教師教育圖書借閱室(教師教育圖書館二樓南)
教師教育圖書借閱室收藏G教育類圖書32600余種,135000余冊,周一至周日每天八個小時對讀者開放,為讀者提供藏、借、閱一體化服務。